Années d'histoire ibérique, romaine, arabe et chrétienne ont formé le caractère de cette ville nommée Benissa. Remontant à des milliers d'années, des restes de peintures rupestres découvertes suggèrent que la région était habitée à l'époque préhistorique. Les pièces et les amphores sont signes de la présence romaine dans cette région. Néanmoins, l'origine du nom de Benissa (Banu-Issa) est considéré comme arabe. Même aujourd'hui, la plupart des zones rurales de la municipalité conservent leurs noms arabes. Cela confirme la théorie historique qui pointe à la présence d'une importante population arabe, quand Jacques 1er "le Conquérant" est arrivé à Benissa en 1248. Après l'expulsion des morisques en 1609 la terre fut repeuplée par des colons venus des Pyrénées, la Catalogne et Aragon. Il était à cette époque que les murs de la ville ont été construits. Aujourd'hui, seuls de faibles traces de ces murs restent.